1999年6月3日，南联盟塞尔维亚共和国议会通过了接受上述协议的决议。
1999年6月9日，北约代表和塞尔维亚代表在马其顿签署了关于南联盟军队撤出科索沃的具体安排协议，南联盟军队随即开始撤离科索沃。
北约暂停了对南斯拉夫的轰炸，要求南斯拉夫在二十四小时之内撤出科索沃。南斯拉夫方面表示这根本就做不到，他们至少需要三天时间才能从科索沃撤出所有部队和重型装备。北约代表嘲笑：
“你们在科索沃地区还有多少重型装备，需要三天时间才能运完？你们该不会是想把那些残骸也运回去吧？”
结果马上就被打脸了。撤军时间一到，一辆辆坦克、装甲车，一辆辆汽车，一门门火炮，源源不断地从偏僻的山村、丛林甚至山洞中开出来，塞满了从科索沃通往塞尔维亚的公路。北约代表当场脸都绿了，他们不是炸掉了南斯拉夫近百分之七十的重型装备吗？这些装甲车辆、火炮是哪里冒出来的？
震惊之余是庆幸，幸亏他们没有冒冒失失的发动地面进攻，否则很有可能会被保存着大部分实力的南斯拉夫陆军暴打一顿！
南斯拉夫确实干得很漂亮，但这无法挽救他们战败、科索沃分裂出去的事实。为了保住科索沃，南斯拉夫方面作了最后的努力，他们单独与俄方谈判，表示愿意拿出科索沃最大的普里什蒂纳机场，作为俄罗斯在科索沃地区的立足之地，以换取俄罗斯继续承认南斯拉夫对科索沃的主权。在南斯拉夫人看来，俄罗斯是他们仅有的几个朋友，把机场交给俄罗斯总好过交给比约。俄罗斯在巴尔干的博弈中已经落了下风，如果俄国人被彻底挤出巴尔干半岛，南斯拉夫就更加孤立无援了，没得选，只能打开大门把俄国人请进来，让他们跟北约斗去。
俄罗斯人果然剽悍，想都没想就答应了南斯拉夫方面的条件，一声令下，两百名俄罗斯空降兵人波黑首都黑塞哥维那出发，狂飙五百公里，抢在英国人到来之前抢占了机场。北约方面见俄国人居然跳出来摘桃子了，气得破口大骂，战区司令部命令英军采取强硬的手段把俄罗斯伞兵赶出机场去。换作几年前，北约摆出这么一副要吃人的面孔，估计俄罗斯早就妥协了，但是第一次车臣战争结束后的俄罗斯却变得越来越强硬，面对十倍于己、咄咄逼人的英军，俄罗斯伞兵寸步不让，摆出一副“想打我们奉陪到底，想得到机场？先从我们的尸体上跨过去”的姿态，英国人几次想驱逐他们，结果都给怼了回去，反倒把自己搞得下不了台。
最终，俄罗斯与北约共管普里什蒂纳机场，但最核心的位置掌握在俄罗斯人手中，俄罗斯终于在与北约的谈判中占据了主动，南斯拉夫的计划成功了。
然而，他们的屈辱还没有结束。
2001年，南斯拉夫最高领导人米洛舍维奇被海牙法庭逮捕，理由是他犯有战争罪行。最终，他病死在监狱之中，屈辱地结束了自己的生命。
随着米洛舍维奇被逮，南斯拉夫彻底成为历史。塞尔维亚和仅剩的小兄弟黑山进行了政治重组，建立塞黑联盟。他们抛弃了社会主义路线，南共变成了在野党，地位一落千丈。这是塞尔维亚人为保存南斯拉夫的火种作的最后努力，南斯拉夫不在了，但他们和黑山人还在，南斯拉夫就没有死，就还有东山再起的希望。
然而，巴尔干地区似乎被诅咒了一般，分裂是各国挥之不去的梦魇。2006年，黑山共和国举行公投，从塞黑联盟中独立出去，塞黑联盟解体，其政治地位由塞尔维亚继承。
至此，南斯拉夫这头巴尔干猛虎彻底消失了，已经没有多少痕迹能够证明他们曾经来过，辉煌过。
北约倒是一副不计前嫌的样子，数次邀请塞尔维亚加入北约，但都遭到了拒绝。不管换了多少个总统，不管新上位的总统是懦弱还是刚强，是能力出众还是平庸，面对北约的邀请都只有一句话：
“塞尔维亚永远不会加入北约！”
这是塞尔维亚人最后的倔强，在这份倔强的背后是一个已经被打得支离破碎的国家，一片片被贫铀弹严重污染的土地，还有成百上千因为贫铀污染而来到这个世界上的畸形婴儿。
科索沃人在付出了极其惨重的代价之后，终于获得了事实上的独立。然而他们发现，独立后的日子并没有他们想象的那么美好，贫穷、混乱、种族冲突、贫铀炸弹造成的污染……这些都像梦魇一样困扰着他们，让他们喘不过气来。他们寄望于国际援助，然而对于北约而言，这枚棋子的剩余价值已经不多了，没必要继续在他们身上浪费钱，所以给予的援助……如果说北约此前对波黑、克罗地亚等国的援助是开闸放水，那么他们给科索沃的援助只能算是尿检样本，少得极其可怜。最惨的是，整个科索沃都成了各大国的斗兽场，俄罗斯和北约在这里展开旷日持久的博弈，而塞尔维亚从来就没有承认过科索沃独立，他们并没有放弃拿回科索沃的努力。
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